A partir de la entrada en vigor del TLC de México con el Triángulo del Norte (Guatemala, Honduras y El Salvador) el 15 de marzo de 2001, el comercio entre México y El Salvador ha crecido 158% (12.6% promedio anual), al pasar de 326.7 en 2000 a 842.9 millones de dólares en 2008.  Debe apuntarse que en 2009, año recesivo para ambos países, se experimentó una disminución en las importaciones salvadoreñas de México y un ligero aumento de las exportaciones salvadoreñas a México en relación a 2008

En 2008 El Salvador fue el 39° socio comercial de México a nivel global (22° comprador y 76° abastecedor) y el 13° en America Latina y el Caribe. De acuerdo con el Banco Central de El Salvador, México es el 2° proveedor de El Salvador a nivel mundial y el 1° en la región. Asimismo, México fue el 9° destino de las exportaciones de El Salvador al mundo y el 7° en la región, después de Guatemala, Honduras, Nicaragua, Costa Rica, Panamá y República Dominicana

Las exportaciones mexicanas crecieron 151.6% (12.2% promedio anual), al pasar de 306.9 en 2001 a 772.3 MD en 2008. Las importaciones de productos salvadoreños en México aumentaron 256.5% (17.2% promedio anual), al pasar de 19.8 millones de dólares en 2001  a 70.6 millones de dolares en 2008 con un ligero repunte en 2009.

Al cierre de 2008 el intercambio comercial con El Salvador representó el 12.5% del total del comercio con los países del Istmo Centroamericano. El intercambio comercial se ubicó en 842.9 millones de dólares, cifra 45.7% mayor a la registrada el año anterior. La balanza comercial tuvo superávit para México de 701.7 millones de dólares. Las exportaciones e importaciones mexicanas se incrementaron 49.5 y 14.6%, respectivamente, en relación con las del mismo período de 2007.

Entre enero y noviembre de 2009 el comercio bilateral se ubicó en 493.8 millones de dólares, cifra 36.6% menor a la registrada en el mismo período del año anterior. La balanza comercial registró un saldo superavitario para México de 361.7 millones de dolares. Las exportaciones (427.8 millones de dolares) e importaciones (66.1 millones de dolares) mexicanas disminuyeron en 40% y 0.1%, respectivamente, en relación con las observadas en el mismo periodo de 2008.

Los productos con mayor exportación de México a El Salvador son: aceites crudos de petróleo, emisores para telefonía y aguacates. En el caso de las importaciones destacan: prendas de vestir, laminas de polímeros y medicamentos.

La inversión mexicana en El Salvador se ubica en 1,016.8 millones de dolares, con lo cual ese país se coloca como el 10° destino de las inversiones mexicanas en America Latina y el Caribe. Entre las inversiones más importantes se encuentran la de TELMEX, Grupo Bimbo, Grupo Carso con telefonía, Sanborns y tiendas departamentales Dorian´s, Z Gas, Mexicana de Aviación, Organización Ramírez a través de la Cadena de Cines CINEPOLIS, Jumex, CILZA, ARNECOM, MASECA, Banco Azteca, TV Azteca, Tropigas, Office Depot, MABE, CEMEX y Sigma Alimentos, entre otras. Es posible que el monto de las inversiones totales de mexicanos en El Salvador se aproximen a los 1500 millones de dólares pero existen subestimaciones debido a que algunas empresas mexicanas están registradas o incorporadas fuera de México y los empresarios  mexicanos radicados en El Salvador se dan de alta como inversionistas locales, aclaró una fuente del Banco Central de la Reserva de El Salvador.

Entre 1999 y septiembre de 2009 la inversión salvadoreña en nuestro país ascendió a casi 4 millones de dólares. De este monto se destina el 63.6 % al comercio y 36.4% a la industria manufacturera. Existen 56 empresas con capital salvadoreño en México, las cuales se localizan principalmente en el Distrito Federal, Veracruz, Oaxaca, Estado de México, Querétaro y Baja California Norte.

El marco jurídico que norma las relaciones económicas entre México y El Salvador comprende acuerdos en materia comercial, turística, energética, de transporte aéreo, promoción comercial, de inversión, colaboración financiera y de negociación de deuda. El mecanismo para el tratamiento de las relaciones económicas entre México y El Salvador es a través de la Subcomisión de Asuntos Económicos, Comerciales y Financieros, que sesiona en el marco de la Comisión Binacional México-El Salvador, establecida mediante Canje de Notas en julio de 1993. A la fecha se han realizado seis reuniones, la última de ellas se llevó a cabo en San Salvador el 21 de julio de 2008. La próxima reunión de la Comisión Binacional se llevara a cabo en la ciudad de México en el curso de 2010.